มะเขือขื่นเป็นไม้พุ่มขนาดย่อม สูง 0.14-1 เมตร ต้นใบ กิ่งก้าน มีหนามแหลมสีม่วงดำ มีขนสั้นปกคลุมทั้งต้น ใบเดี่ยว เรียงสลับ มีหนามแหลมคมตั้งฉากตามเส้นกลางใบรูปไข่ กว้าง 4-12 ซม. ยาว 4.5-18 ซม. โคนใบรูปหัวใจ ขอบใบเว้าเข้าเป็นพูตื้นๆ ก้านใบยาว 1-10 ซม. ดอกช่อกระจุกสั้น ออกที่ซอกใบ ดอกย่อย 4-6 ดอก กลีบดอกสีม่วง เชื่อมติดกันเป็นรูปกรวยสั้น ผลกลมโตขนาดผลหมากดิบ ภายในมีวุ้นสีเขียวข้น รสขื่น