ดอก  ออกเป็นช่อเล็กเรียว คดไปมา ปล้องยาว 1.5 – 2.5 ซม. มีใบเล็ก ๆ ที่แต่ละข้อ และตามง่ามจะแตกกิ่งสั้น ซึ่งประกอบด้วยช่อดอก 1 คู่ ยาวไม่เท่ากัน โดยมีกาบหุ้มยาว 1.5 – 2 ซม. ช่อดอกย่อยที่ไม่มีก้าน ยาว 4 – 4.5 มม. กาบช่อดอกย่อยอันล่าง (lower glume) เกลี้ยง แบน ปลายเรียวแหลม เป็นสันโดยที่สันมีปีกแคบ ๆ ที่ปลายและที่ปีกจักเป็นซี่ฟันเล็ก ๆ มีเส้นตามยาว 2 – 4 เส้น ขอบงอ อันบนรูปเรือ มีเส้นตามยาว 1 เส้น สันมีซี่ฟันที่ปลาย กาบดอกล่างยาว 3 มม. บาง เป็นครุย ไม่มีเส้นตามยาว กาบดอกบนคล้ายกันแต่สั้นกว่า ปลายจักเป็น 2 พูสั้น ๆ โดยมีขนแข็งที่รอยจัก อับเรณูยาว 1.5 มม. ส่วนช่อดอกย่อยที่มีก้าน มีลักษณะคล้ายกัน แต่สั้นกว่าเล็กน้อย ดอกย่อยบนเป็นดอกเพศผู้ไม่มีกาบดอก (lemma) [7]  
ตะไคร้หอม C. nardus และตะไคร้ C. citratus ต่างกันที่กาบช่อดอกย่อยอันล่างของช่อดอกย่อยที่ไม่มีก้าน (lower glume ของ sessile spikelet) [7]
